Vodafone había argumentado que los países podrían no ser directamente comparables a Irlanda debido al tamaño de sus mercados y las economías de escala para los operadores.
El tribunal desestimó la propuesta de ComReg.
La decisión podría tener consecuencias significativas para los costes incurridos por las compañías móviles y su derecho a cobrar a otros operadores por las llamadas terminadas en sus redes.
Vodafone sola terminado 1.6 millones de minutos de llamadas en su red en 2012.
En una declaración posterior a la sentencia, Vodafone dijo que la propuesta MTR, si bien podría no afectar directamente las facturas de telefonía móvil de los consumidores, "habría inhibido la inversión futura en redes avanzadas de banda ancha en las que confían consumidores y empresas".
"El nivel al que se fijan las MTR debería reflejar el coste de operar e invertir en la red en el mercado irlandés", dijo.